Bocian czarny jest chroniony przez prawo międzynarodowe:

1.Dyrektywę 79/409/EWG w sprawie ochrony dzikich ptaków (tzw. Dyrektywa Ptasia). (Załącznik 1). Artykuł 4 tej Dyrektywy mówi, że: "1. Gatunki wspomniane w załączniku 1 będą objęte szczególnymi środkami ochronnymi, obejmującymi także ich siedliska, mającymi na celu zapewnienie przetrwania i rozrodu tych gatunków w ich obszarach występowania".

2.Konwencję o ochronie dzikiej fauny i flory europejskiej oraz ich siedlisk (Konwencja Berneńska) - wymieniony w załącznik 2 obejmującym ściśle chronione gatunki fauny.

3.Konwencję o międzynarodowym handlu dzikimi zwierzętami i roślinami gatunków zagrożonych wyginięciem (Konwencja Waszyngtońska) - wymieniony w załączniku 3 obejmującym gatunki objęte reglamentacją, przez co najmniej jedną ze stron konwencji.

4.Konwencję o ochronie wędrownych gatunków dzikich zwierząt (Konwencja Bońska) - wymieniony w załączniku 2 obejmującym gatunki o niekorzystnym stanie zachowania.

  • Ptak dorosły (z lewej) i młody (z prawej) fot. K. Laskowicz

W Polsce bocian czarny jest objęty ochroną ścisłą (Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 28 września 2004 w sprawie gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną). Dodatkowo nie obejmują go odstępstwa od zakazów dotyczących zwierząt chronionych oraz ma status gatunku wymagającego ochrony czynnej. Wokół jego gniazd tworzy się strefy ochronne: w promieniu około 100 m – strefę ścisłej ochrony całorocznej oraz w promieniu około 500 m strefę, w której nie można przebywać w okresie od 15 marca do 31 sierpnia. W strefie ochrony ścisłej nie prowadzi się jakiejkolwiek działalności (np. pozyskania drewna). W strefie ochrony częściowej zabiegi gospodarcze o ograniczonym nasileniu mogą być prowadzone poza okresem ochronnym.

Ze względu na strefy ochronne wokół gniazd bocian czarny jest doskonałym gatunkiem tarczowym dla leśnych terenów podmokłych. Jego terytoria obejmują często siedliska wymienione w Załączniku 1 Dyrektywy Rady 92/43/EWG (tzw. Dyrektywa Siedliskowa). Są to m.in.: kwaśne buczyny, żyzne buczyny, ciepłolubne buczyny storczykowe, grądy środkowoeuropejskie, dąbrowy acidofilne, lasy łęgowe, zarośla wierzbowe, łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe). Środowiska gniazdowania bociana czarnego są często miejscem występowania innych zagrożonych gatunków ptaków (np. wymienionych w Dyrektywie Ptasiej: dzięcioł średni, dzięcioł czarny, dzięcioł białogrzbiety, żuraw, muchołówka mała oraz rzadkich, takich jak, samotnik, siniak), jak również gadów, płazów i bezkręgowców. Spośród rzadkich roślin spotykane są: kosaciec syberyjski, wawrzynek wilczełyko, mieczyk dachówkowaty, lilia złotogłów, storczyk Fuscha, stoplamek plamisty, gnieźnik leśny, gnieźnik plamisty, listera jajowata.
  • Wawrzynek wilczełyko roślina chroniona, często spotykana w sąsiedztwie gniazd bociana czarnego fot. J. Paciorek